Церковь Трёх Святителей была заложена на 6-й линии Васильевского острова 2 июля 1740 года, по проекту Дж. Трезини. Это одна из самых старых каменных церквей Санкт-Петербурга. Изначально она считалась приделом находящегося рядом Андреевского собора. Восточная часть построенного здания венчалась куполом со шпилем, над трапезной была установлена колокольня также с куполом и шпилем. Храм был освящён в 1760 году во имя Трёх Святителей Вселенских: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста.

В 1916 году, когда в Санкт-Петербурге грузинская диаспора насчитывала около 6000 человек, церковь была отдана грузинскому приходу. Здесь впервые в Санкт-Петербурге прошли богослужения на грузинском языке. Кроме того, при церкви хоронили знатных грузин. До сих пор на стене сохранена надпись на грузинском и русском языках: На сем месте погребена грузинского полку господина майора князя Эдишера Потальевича Амилахвари супруга его Гука Нодаровна, которой от рождения 37 лет, а преставилась в нынешнем 1745 г. месяца марта 28 числа . После революции приход был закрыт и в здании разместили трикотажную фабрику.

В 2000х годах проводилась реставрация здания.