В 1734 году на Большой Конюшенной улице по указу Анны Иоанновны была построена деревянная церковь Святой Анны. Она была возведена на участке шведско-финской общины, прихожанами молитвенного дома стали финские и шведские торговцы и ремесленники, жившие в этом районе.

С 1769 года после постройки шведской церкви Святой Екатерины этот храм остался за финским приходом.

В 1803-1805 годах здесь была выстроена новая каменная церковь Святой Марии. Её архитектор - Г. Х. Паульсен, зять и ученик Ю. М. Фельтена. Освящение церкви произошло 24 декабря 1805 года. По стронам портика, в нишах, были установлены скульптуры апостолов Петра и Павла. Позже их заменили вазы, стоявшие первоначально на парапете.

В 1871 году церковь реконструировал К. К. Андерсон. Боковые окна главного фасада были превращены в двери, внутри здания были установлены хоры на чугунных столбах.

В 1937 году церковь была закрыта и переделана под общежитие, в 1970 передана Дому Природы .

В 1990 году церковь была возвращена финской общине. В 1997-2002 годах здание реставрировали. 19 мая 2002 года состоялось освещение обновлённой церкви Святой Марии. При этом событии лично присутствовала президент Финляндии Тарья Халонен.