В начале XIX века этим участком на 8-й линии Васильевского острова владел купец Бобков. Для него здесь, предположительно архитектором М. А. Овсянниковым, был построен каменный дом. В 1828 году его приобрела греко-униатская коллегия. Дом был перестроен, в нём обустроили церковь святого Николая Чудотворца.

В 1845 году здание перешло Новодевичьему монастырю. Для него здание реставрировали по проекту А. Ф. Щедрина. После переезда монастыря на Московское шоссе (Московский пр., 100) оно служило подворьем для приезжих архиереев. С тех пор его стали называть Благовещенским синодальным подворьем. Такое название дом приобрёл из-за близости Благовещенской церкви.

В 1897-1899 годах проводилась капитальная реконструкция здания. Ей руководил гражданский инженер В. А. Косяков. 18 декабря 1899 года на третьем этаже в присутствии обер-прокурора К. П. Победоносцева вновь была освящена церковь святого Николая Чудотворца. Над пятигранной апсидой (выступ на боковом фасаде) был расположен невысокий тонкий шпиль, увенчаный крестом. В 1909 году здание расширили за счёт пристройки дворового корпуса.

В 1919 году церковь закрыли. В 1926 году её иконостас передали Музею отживающего культа. После Великой Отечественной войны здесь размещался Архив городского хозяйства, затем библиотека Северо-Западной академии государственной службы.

Из церковных интерьеров в здании Благовещенского синодального подворья сохранилась роспись парадной лестницы Явление святого Николая Чудотворца перед императором Константином в Константинополе , церковный зал и открытые конструкции стропил с резьбой и позолотой.