В начале 18 века после победы над шведами в Северной войне необходимо было защитить завоеванные земли и построить крепость. 27 мая 1703 года, в день Святой Троицы, по чертежу Петра Первого на небольшом острове, в устье Невы, закладывается крепость. Остров назывался Заячий (в переводе  с финского) или Веселый (со шведского) и по форме представлял собой вытянутый шестиугольник. Руководил строительством князь Александр Меншиков. Первоначально сооружения были земляными и деревянными. В октябре 1903 года строительство было завершено.

После большого наводнения часть укреплений была размыта. И с 1706 года под руководством Доминико Трезини начинается строительство каменных сооружений, которое велось долгие годы и закончилось уже после смерти Петра Первого. Одновременно строилась церковь святых  апостолов Петра и Павла. Позже она перестраивается в каменный Петропавловский собор.

В 1731 году собор приобрел статус кафедрального храма и стал  усыпальницей дома Романовых. Здесь похоронены русские цари, начиная с Петра I до Николая II.

До 20 века Петропавловская крепость выполняла и функцию тюрьмы, куда помещались без суда (только по царскому решению) особо опасные государственные преступники. Одним из первых узников стал царевич Алексей, сын Петра I. Здесь побывали Радищев, декабристы, братья Бестужевы, Чернышевский.