В 1884 году Мариинский дворец перешёл в казну за 3 000 000 рублей с рассрочкой на тридцать лет. С этого момента дворец стал собственностью государства. Уже 14 июля 1884 года Александром III был подписан указ, которым Мариинский дворец объявлялся резиденцией Государственного Совета, Государственной канцелярии, Комитет министров, Канцелярия по принятию прошений на Высочайшее имя. Все они разместились в здании в феврале 1885 года. Часть усадебных строений в саду было передано Военному министерству, разместившему в них 3-й батальон лейб-гвардии Стрелкового Финского полка. Торжественное освящение дворца как центра российской государственности состоялось 11 февраля 1885 года.

По проекту архитектора Л. Л. Петерсона Мариинский дворец был переоборудован исходя из своей новой функции. В 1893 году здесь свечной освещение было заменено на электрическое. В Ротонде еженедельно по понедельникам заседал Государственный совет. Кабинет герцога Максимилиана был переоборудован под кабинет председателя Госсовета. В Концертном зале проходили заседания Кабинета министров, в Овальном - заседания Департамента гражданских и духовных дел. В деть столетия Государственного совета в 1901 году в Ротонде состоялось его торжественное заседание, которое было запечатлено на знаменитой картине И. Е. Репина.

В апреле 1902 года в Вестибюле Мариинского дворца террористом был смертельно ранен министр внутренних дел Д. С. Сипягин.

После учреждения в 1905 году Государственной Думы численность Государственного совета была значительно расширена. Сюда стали допускаться журналисты и иные заинтересованные лица . Ротонда уже не могла вместить всех участвующих в заседаниях. В 1908 году по проекту Л. Н. Бенуа, М. М. Перетятковича и Л. Л. Шретера для нужд Госудаственного совета было перестроено помещение Зимнего сада. 15 октября 1908 года Государственный совет начал работу в этом помещений.

В начале 1900-х Николай II предлагал дворец своей фаворитке Матильде Кшесинской. Она строила себе особняк на Петроградской стороне, император пытался отговорить её от такой затеи. Однако знаменитая танцовщица отказалось от подарка. Существует мнение что Матильда как и Мария не приняла его из-за того что Николай I, так же как и Пётр I ( Медный всадник ) отвернулись от дворца.

После февральской революции 1917 года Мариинский дворец заняло Временное правительство, проработавшее здесь до июня. С 7 августа здесь начала работать Всероссийская комиссия по выборам в Учредительное собрание. После октября 1917 года Мариинский дворец перешёл в ведение Народного комиссариата имуществ и Высшего совета народного хозяйства. После переезда в 1918 году правительства в Москву в Мариинском дворце разместились казармы Красной Армии. Позже его занимали различные учреждения: Трансбалт, Севзапвод, Дом печати. В 1928-1929 годах акционерное общество Советский турист устроило здесь общежитие на 1000 коек.

Осенью 1929 года в Мариинском дворце открылось ленинградское отделение Промакадемии ВСНХ СССР. Здесь находились общежитие академии, аудитории, комнаты персонала и кинотеатр. В 1940 году аудитории и общежитие перешли высшим курсам при ЦК ВКП(б).

30 июня 1941 года в Мариинском дворце разместился Военный совет, штаб, политотдел Ленинградской армии народного ополчения, редакция газеты На защиту Ленинграда . После 23 октября, когда армия быа расформирована, здание служило госпиталем. Настенная роспись залов была замазана штукатуркой. Во время ленинградской блокады Мариинский дворец значительно пострадал. В него попало два крупных снаряда и около 40 зажигательных бомб.

Реставрационные работы в Мариинском дворце начались уже в 1944 году. По проекту М. А. Шепелевского проводилась не только реставрация, но и перепланировка помещений. В восточном крыле появилась новая мраморная лестница. На главном фасаде здания разместили макеты пяти орденов и медалей, которыми был награждён Ленинград. 8 октября 1945 году в Мариинском дворце разместился Исполнительный комитет Ленинградского Совета трудящихся.

В 1960-х годах были восстановлены росписи Помпейской галереи, отреставрированы интерьеры Приёмной (Красного зала), Танцевального (Белого) зала. В 1990 году была восстановлена и освящена церковь.

С 14 декабря 1994 года в Мариинском дворце работает законодательное собрание Санкт-Петербурга.